La iglesia de San Miguel Arcángel en Villalpando es el último elemento patrimonial incluido en la lista roja de conservación elaborada por la asociación Hispania Nostra. Desde el 27 de diciembre se ha aprobado su inclusión en esta lista que recogen todos aquellos templos o patrimonio sometidos a riesgo de desaparición, destrucción o alteración esencial de sus valores, con el objetivo de darlos a conocer y lograr su consolidación o restauración.
La iglesia de San Miguel Arcángel era uno de los diez templos medievales que se levantaron en la villa. Los primeros datos sobre su origen datan del año 1168, por lo que su origen se remonta a mediados del siglo XII, pudiendo haberse edificado sobre los restos de una iglesia visigótica que yacían en el solar y de los que ya no queda rastro.
Actualmente su estado presenta un derrumbe casi total de su techumbre desde finales del siglo XX. En el año 2005 el imponente arco formero de la nave más amplia se vino abajo, a la vez que lo hacían las pechinas y parte de los muros cercanos al presbiterio. Hoy solamente se mantienen en pie varios muros gracias a los sillares de las partes bajas.
También quedan los tapiales de la sacristía nueva y la cabecera coronada con una espadaña que va perdiendo los ladrillos que la rematan. En el interior, cerrado actualmente por una tapia, conviven escombros y partes de vigas desplomadas con la maleza que se ha apoderado del lugar (incluso un árbol ha crecido en una de las estancias). También ha hecho acto de presencia la suciedad, ya que uno de los extremos se ha consolidado como basurero. Su estado actual es de ruina avanzada.
Con el paso del tiempo la iglesia estuvo asociada a la primitiva cerca de la villa, empleándose su cabecera cuadrada como parte de la muralla defensiva, lo que también ocurrió con la torre de San Miguel. En el siglo XVI, los condestables de Castilla acudían a oír misa en esta iglesia e, incluso, así lo hicieron también los hijos de Francisco I durante su estancia cautivos en Villalpando. En este mismo siglo, fueron bautizados en el templo el VI conde de Monterrey o Diego Torres Bollo, villalpandinos insignes.
La torre de San Miguel y el resto del templo se fue transformando con el paso de los siglos, renovándose en el siglo XVIII buena parte de los elementos, manifiesto en los arcos de medio punto de estilo barroco. Por otro lado, en el siglo XIX se producen obras de gran calado que transformaron el inmueble y posibilitaron su estabilidad estructural durante el siglo posterior, aunque estuvo cerrado al culto a excepción de celebraciones litúrgicas puntuales. En 1973 la iglesia se cierra definitivamente y en los años consecutivos gran parte del templo se desploma hasta que finalmente, entre 1976 y 1982, es vendida a un particular y el bien queda en estado de abandono.
